최근 본교의 구조조정계획이 일부 언론에 기사화되면서 이에 대한 논란이 과열되고 있다. 지난 19일 한국일보는 본교의 문과대·사회대·자연대의 일부 학과는 과감히 통폐합하고 경영대·의대·공대 등의 실용학과를 집중 육성하겠다는 계획을 전면 기사화했다. 학교 측은 이에 대해 “구체적으로 확정된 바 없는 내용”이라며 강하게 부인했고, 21일자 한국일보에 정정보도가 실리기도 했다. 하지만 여전히 “‘아직’ 사실이 아닌 것일 뿐이 아니냐”는 학내 의견이 끊이지 않고 있다. 이에 김태성 홍보팀장은 “학과 통폐합은 그동안 서울과 안성 양 캠퍼스간의 유사학과를 대상으로 계속되어 왔고, 경영대 육성은 공공인재학부와 행정학부의 통합으로 입학정원이 증가한다는 정도가 사실”이라며 해당 기사가 사실무근임을 강조했다.
현재 본교는 구조조정을 위해 각 계열별 교수들로 TFT를 구성, 개혁안을 두고 고심 중에 있다. 인문계열 TFT 대표를 맡고 있는 김누리 교수(독어독문학과)는 “문과대의 학과 구조조정은 기존의 구성에서 사회·심리·문헌정보학과를 사회계열로 이동하고 미학과를 신설하여 인문대로 명칭을 변경할 것인지, 기존 명칭을 유지하되 사회복지·아동복지학과만을 독립시켜 따로 사회복지대학을 신설할 것인지 결정하는 정도의 안이 거의 확정된 상태”라고 밝혀 학과 통폐합에 대한 논란을 일축했다. 또한 문과대는 지난 29일 열린 전체교수회의를 통해 한국일보의 오보에 강경한 대응을 할 것을 학교본부에 촉구하는 성명을 교수전원의 만장일치로 결의해, 31일 교수 전체 이메일로 발송했다. 이 성명서는 해당 언론사를 고소하고 취재원을 색출, 문책할 것과 주요일간지에 학교 명의로 해명광고를 실을 것 등의 입장을 담고 있다. 한편 문과대에 이어 교수협의회와 자연대 또한 입장을 표명할 것으로 알려졌다.